Karaburun Yarımadası Anadolu' nun en eski yerleşim yerlerinden biridir. Kalkolitik Çağda başlayan yerleşim, Antik Çağ'da en parlak dönemlerini yaşamış ve İyon Uygarlığının en önemli ve en zengin kentlerinden olan Erythrai'ye bağlı 5 kent Yarımada üzerinde kurulmuştur. Bunlardan birisi olan Sidusa, bugün İlçe Merkezi olan ve eski adıyla Ahırlı olarak bilinen Karaburun ve adalar üzerinde yer almaktaydı. O dönemden itibaren yerleşimin sürekli olduğu bu yöre, değişik uygarlık ve egemenliklerin hükümdarlığında sürdürdüğü varlığını 1320 yılında Çaka Bey tarafından alınıp Aydınoğulları egemenliğine sokularak artık Türk kimliğiyle devam ettirmiştir.1415 yılında Çelebi Sultan Mehmet tarafından Osmanlı Devletine bağlanmıştır.

Karaburun (Ahırlı) 1902 yılında Belediye olmuş, 1910 yılında da İlçe sıfatını kazanmıştır. Birinci Dünya Savaşı sonrası 15 Mayıs 1919 tarihinde Yunan kuvvetleri tarafından işgal edilmiş, 17 Eylül 1922 tarihinde de yeniden özgürlüğüne kavuşmuştur. Bu tarihten sonra Karaburun İlçesi ismini alarak, Karaburun Yarımadası ile neredeyse tam uyumlu bir İlçe sınırı çizen bugünkü idari yapısına kavuşmuştur.

Karaburun adının nereden geldiği konusunda çok değişik görüşler ve varsayımlar mevcuttur. Çok eski dönemlerde yarımadanın adının "Capo Calaberno" olması fonetik olarak adın buradan değişerek geldiğini düşündürmektedir. Bir varsayıma göre ise deniz yoluyla yarımadaya ilk varışta "Kömür Burnu" denilen mevkiin görülmesi nedeniyle, kayaların rengi esas alınarak "Karaburun" denildiği şeklindedir. Bir başka varsayımda eski Türk adlandırma usullerinde kuzey yönünün "kara", güney yönünün ise "ak" olarak adlandırılması mantığına dayandırılmadır. Şimdiki ilçe merkezi eski haritalarda "Karaburun", Eşendere burnu ise "Akburun" olarak geçmektedir.)

İlçemize bağlı 16Mahalle mevcuttur.Bu mahalleler Merkez Mahallesi, Mordoğan, Ambarseki, Bozköy, Hasseki, Saip, Tepeboz, Yayla, Eğlenhoca, İnecik, Kösedere, İskele,Küçükbahçe, Salman, Parlak ve Sarpıncık'tır.

İlçe Merkezine bağlı Merkez ve İskele Mahalleleri ile Mordoğan Mahallesinde bulunan Merkez, Ardıç, Kütlücek, Çatalkaya ve Eski Mordoğan vardır.

1997 ve 2000 yıllarında yapılan nüfus sayımları itibariyle İlçemiz toplam nüfusu 10.332 iken 13.546 olmuştur. Bu nüfusun halen 4397' si köylerde, 2947' si Karaburun Merkezinde ve 6202' si ise Mordoğan Beldesinde yaşamaktadır. Genel olarak Türkiye Nüfus Artış Oranı ile kıyaslandığında, artışın az olduğu farkedilebilir. Bunun nedeni İlçemizin göç veren yapıda olmasından kaynaklanmaktadır.

27/01/2011 tarihi itibariyle ilçe merkezinde 2.685, beldede 6.004olmak üzere toplam 8689kişi yaşamaktadır.Bunların 4.444 kişisi erkek 4.245 kişisi kadındır.

Karaburun'un yukarıda açıklanan İdari Yapısı dışında, zaman içinde var olmuş ve ancak daha sonra çeşitli nedenlerle terkedilmiş bazı yerleşim birimleri de mevcuttur. Bu yerleşim birimlerinden bazıları 1923 sonrası gerçekleşen "Mübadele" ile göç etmiş Rum nüfusun çoğunluğunu oluşturduğu köylerdir. Daha sonra bu köylerden bazılarına Kavala ve Selanik' ten getirilen Göçmen nüfus yerleştirilmişse de nedense bazı köyler, zaman içinde tümüyle terkedilmişlerdir.

Karareis, Eğriliman, Denizgiren, Teke, Kösedere İskelesi ve Yenicepınar 1923 Yılı öncesi yoğun bir nüfusa sahip iken daha sonra tamamen terkedilmişlerdir. Bunlar bu köylerin Rum nüfus ağırlıklı olmalarından kaynaklanmıştır. Sazak, Manastır (Kalecik) ve Yeniliman Köyleri ise aynı şekilde 1923 öncesi yoğun bir nüfusa sahip iken 1923 sonrası nüfusları birden bire azalmıştır. Bu o köylerde yaşayan Türk Ailelerin köyü terketmemelerinden kaynaklanmıştır. Ne var ki sayıca zaten çok az olan bu aileler zaman içinde köyü terketmişlerdir. Mübadele ile ilgili olmayan ve ancak nedeni de bilinmeyen bir tarzda, Mordoğan'a bağlı Hacılar köyü 1950'lerden sonra terkedilen köylerdendir. Çullu ve Hisarcık köyleri ise 1949 yılındaki şiddetli deprem sonrası oturulamayacak hale gelerek terkedilmişlerdir.

Terkedilen köylerden bazıları bugün yeniden oturulmaya başlanan yerleşim yerleri olmuş, ancak idari açıdan köy statüsünde olmayan yerlerdir. Örneğin Denizgiren ve Tolos, Küçükbahçe köyünün, Yeniliman ise Tepeboz köyünün mahallesi durumundadırlar. Bugün aynı tarzda yeni bazı yerleşim yerleri de oluşmaktadır. Örneğin Saipaltı, Eşendere, Kaynarpınar, Ardıç, Aşağı ve Yukarı Boyabağ, Karareis ve Görence bu yerleşim yerlerindendir. Bu daha çok 2. Konut yapısında bir yerleşim şeklidir.